Mais de 40% das mulheres com gonorreia não complicada e uma proporção semelhante de homens homossexuais apresentam culturas retais positivas para N. gonorrhoeae. O reto constitui o único local infectado em 40% dos homossexuais masculinos e em 5% ou menos das mulheres com gonorreia. A maioria das pessoas com culturas retais positivas permanece assintomática, mas algumas apresentam proctite aguda, com dor, prurido, tenesmo, descarga purulenta e sangramento retal. A anoscopia revela em alguns casos exsudato mucopurulento e alterações inflamatórias na mucosa retal.
